Bij besluit van 3 februari 2004 heeft de Minister van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit (hierna: de Minister) aan de gemeente Leiden (hierna: de gemeente) ontheffing verleend van het verbod op het plukken, verzamelen, afsnijden, uitsteken, vernielen, beschadigen, ontwortelen of op enigerlei andere wijze van zijn groeiplaats verwijderen van de Zwanebloem, en van de verboden om de Bosmuis, Bosspitsmuis, Bunzing, Egel, Haas, Hermelijn, Konijn, Mol, Rosse woelmuis, Veldmuis, Wezel, Bruine Kikker, Gewone pad, Groene kikker, Kleine watersalamander en Kleine modderkruiper opzettelijk te verontrusten of hun nesten, holen of andere voortplantings- of vaste rust- of verblijfplaatsen te beschadigen, te vernielen, uit te halen, weg te nemen of te verstoren. Aan de ontheffing, die geldig is van 1 januari 2005 tot 1 januari 2010, is onder meer de voorwaarde verbonden dat het bouwrijp maken van het vogelweidegebied en het graven dan wel dempen van watergangen in het gehele plangebied met het oog op de aanwezige broedvog